En los más de 130 años de vida del Ateneo ha sido presidido por personas relevantes de la vida sevillana, hasta el punto de que la mayoría de ellas entre 1886 y 1970, tienen su nombre en el callejero de la ciudad. El Ateneo ha protagonizado varias etapas de éxito, pero su “edad de oro” fue en el primer tercio del siglo XX.
En los más de ciento treinta años de vida del Ateneo, la entidad ha sido presidida por personas relevantes de la vida sevillana hasta el punto de que la mayoría de ellas entre 1886 y 1970, tienen su nombre en el callejero de la ciudad.
Desde la primera Junta Directiva (1886-1887), han ocupado la presidencia del Ateneo, las siguientes personas:
1886-1900: Manuel Sales y Ferré, Augusto Plasencia, Joaquín Fernández Prida, Manuel Cano y Cueto, Salvador Calderón y Arana, Joaquín Hazañas y la Rúa, Amante Laffón y Fernández, Pedro Rodríguez de la Borbolla y Amoscótegui de Saavedra y Francisco Pagés y Belloc.
1901-1925: Francisco Rodríguez Marín, Joaquín Hazañas y la Rúa, Francisco Pagés y Belloc, Estanislao D’Angelo Muñoz, José Bores y Lledó, Manuel Héctor y Abreu, Emilio Llach y Costa, Ángel María Camacho Perea, Carlos Cañal y Migolla, Francisco Javier Sánchez-Dalp y Calonge, Miguel Sánchez-Dalp y Calonge, José Monge y Bernal, Francisco de las Barras de Aragón, Francisco del Castillo Baquero, Diego Angulo Laguna, José Gastalver Gimeno, José Gómez Millán, Carlos García Oviedo, Agustín Sánchez-Cid Agüero y Francisco Barón, conde de Colombí.
1926-1950: Francisco Barón, conde de Colombí; Manuel Blasco Garzón, Joaquín Hazañas y la Rúa, Jesús Bravo-Ferrer Fernández, José Salvador Gallardo, Ángel Camacho Baños, Hermenegildo Gutiérrez de Rueda, Manuel Lerdo de Tejada y Sánchez, Francisco Blazquez Bores, José Salvador Gallardo, y Emilio Serrano Pérez.
1951-1975: Emilio Serrano Pérez, Manuel González-Mariño y del Rey, Manuel Beca Mateos, Alfonso de Cossío y Corral, José Montoto y González de la Hoyuela, Antonio Marra-López y Argamasilla, y Joaquín Carlos López Lozano.
1976-2000: Joaquín Carlos López Lozano, José Jesús García Díaz, Ramón Espejo y Pérez de la Concha, Antonio Hermosilla Molina y Enrique Barrero González.
2001-2017: Enrique Barrero González y Máximo Alberto Pérez Calero.
Durante todo el siglo XIX y primeros lustros del siglo XX, las presidencias y Juntas Directivas tuvieron vidas corta y además repitieron varios presidentes y directivos en diversas etapas.
En el primer tercio del siglo XX, la época de oro del Ateneo, ocuparon la presidencia personas relevantes, así como las Directivas y las presidencias de Secciones. Los años de guerra y posguerra fueron de transición crítica, superada durante el mandato de Joaquín López Lozano (1964-1976), que salvó al Ateneo de su extinción. Luego, José Jesús García Díaz (1976-1988) protagonizó otra larga etapa transitoria que cambió de signo con el malogrado Antonio Hermosilla Molina (1996-1999), que afrontó el cambio de sede. Con Enrique Barrero (1999-2010), el Ateneo realizó la mejor labor bibliográfica de su historia con las colecciones históricas.